| 平成６年夏 | ２回戦 | ● | 敦賀気比高０－５佐久高 |
| 平成７年夏 | １回戦 | ○ | 敦賀気比高６－１磐城高 |
| ２回戦 | ○ | 敦賀気比高４－１山梨学院大付高 | |
| ３回戦 | ○ | 敦賀気比高２－１柳川高(延長15回) | |
| 準々決勝 | ○ | 敦賀気比高３－２旭川実 | |
| 準決勝 | ● | 敦賀気比高０－２帝京高 | |
| 平成９年夏 | １回戦 | ○ | 敦賀気比高１－０堀越高 |
| ２回戦 | ○ | 敦賀気比高６－２倉敷商 | |
| ３回戦 | ○ | 敦賀気比高11－０専大北上高 | |
| 準々決勝 | ● | 敦賀気比高４－５前橋工(延長10回) | |
| 平成10年春 | ２回戦 | ○ | 敦賀気比高４－１島田商 |
| ３回戦 | ● | 敦賀気比高１－３ＰＬ学園高 | |
| 平成10年夏 | １回戦 | ● | 敦賀気比高０－５桜美林高 |
| 平成20年春 | ２回戦 | ● | 敦賀気比高１－５天理高 |
| 平成21年夏 | ２回戦 | ● | 敦賀気比高１－５帝京高 |
| 平成22年春 | １回戦 | ○ | 敦賀気比高７－４天理高 |
| ２回戦 | ○ | 敦賀気比高７－５花咲徳栄高 | |
| 準々決勝 | ● | 敦賀気比高０－10日大三高 | |
| 平成24年春 | １回戦 | ● | 敦賀気比高２－10浦和学院高 |
| 平成25年春 | １回戦 | ○ | 敦賀気比高11－２沖縄尚学高 |
| ２回戦 | ○ | 敦賀気比高６－５京都翔英高 | |
| ３回戦 | ○ | 敦賀気比高３－０盛岡大付高 | |
| 準々決勝 | ○ | 敦賀気比高９－３聖光学院高 | |
| 準決勝 | ● | 敦賀気比高１－５浦和学院高 | |
| 平成26年夏 | １回戦 | ○ | 敦賀気比高16－０坂出商 |
| ２回戦 | ○ | 敦賀気比高10－１春日部共栄高 | |
| ３回戦 | ○ | 敦賀気比高16－１盛岡大付高 | |
| 準々決勝 | ○ | 敦賀気比高７－２八戸学院光星高 | |
| 準決勝 | ● | 敦賀気比高９－15大阪桐蔭高 テーブルスコア |
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| 平成27年春 | １回戦 | ○ | 敦賀気比高３－０奈良大付高 |
| ２回戦 | ○ | 敦賀気比高２－１仙台育英高 | |
| 準々決勝 | ○ | 敦賀気比高４－３静岡高 | |
| 準決勝 | ○ | 敦賀気比高11－０大阪桐蔭高 | |
| 決 勝 | ○ | 優勝敦賀気比高３－１東海大四高 | |
| 平成27年夏 | １回戦 | ○ | 敦賀気比高４－３明徳義塾高(延長10回) |
| ２回戦 | ● | 敦賀気比高３－８花巻東高 | |
| 平成28年春 | １回戦 | ○ | 敦賀気比高１－０青森山田高 |
| ２回戦 | ● | 敦賀気比高１－２海星高 | |
| 平成30年夏 | １回戦 | ● | 敦賀気比高１－10木更津総合高 |
| 令和元年夏 | １回戦 | ○ | 敦賀気比高５－１富島高 |
| ２回戦 | ○ | 敦賀気比高19－３国学院久我山高 | |
| ３回戦 | ● | 敦賀気比高３－４仙台育英高 | |
| 令和３年春 | １回戦 | ● | 敦賀気比高５－９常総学院高(延長13回タイブレーク) |
| 令和３年夏 | ２回戦 | ○ | 敦賀気比高８－６日本文理高 |
| ３回戦 | ○ | 敦賀気比高６－３三重高 | |
| 準々決勝 | ● | 敦賀気比高２－３京都国際高 | |
| 令和４年春 | １回戦 | ● | 敦賀気比高０－９広陵高 |
| 令和４年夏 | １回戦 | ○ | 敦賀気比高13－３高岡商 |
| ２回戦 | ○ | 敦賀気比高８－６市立船橋高 | |
| ３回戦 | ● | 敦賀気比高１－８聖光学院高 | |
| 令和５年春 | ２回戦 | ● | 敦賀気比高１－３大阪桐蔭高 |
| 令和６年春 | １回戦 | ● | 敦賀気比高０－１明豊高 |